La capa FTP permite operaciones de archivo (como instalar extensiones o actualizar el archivo de configuración global) sin tener que hacer todos los archivos y carpetas del espacio web escribibles. Esto es un tema que ha venido afectando a los usuarios de Linux u otras plataformas basadas en Unix debido a los permisos chmod de archivos y carpetas. La capa FTP hace la vida al administrador del sitio mucho más fácil e incrementa la funcionalidad y la seguridad del sitio, ya que no se deberán otorgar permisos chmod 777 al espacio web para conseguir escribir los archivos.

Puedes revisar el estado de las carpetas relevantes yendo a ''Ayuda->Info del sistema" y luego en la pestaña "Permisos de directorios". Con la capa FTP habilitada, si todos los directorios están en rojo, Joomla! podrá seguir operando sin problemas porque no opera a través del espacio web sino desde el FTP.

NOTA: La capa FTP no es necesaria en hospedajes/servidores Windows y Tampoco es necesaria en Servidores Linux desde los cuales su usuario sea el Prpietario, puede ver un articulo publicado en Solojoomla.com al respecto: Elegir un Hosting para Joomla